东莞研究部下设3个研究机构和相关职能部门:

　　加速器技术部 主任：王生， 副主任：刘华昌，张玉亮，齐欣，李晓

　　中子科学部 主任：梁天骄，副主任：殷雯，孙志嘉，张俊荣

　　技术支持部 主任：林国平，副主任：黄金书

　　党政联合办公室 主任：李常峰

　　人力资源办公室 主任：方秀华

　　科研计划办公室 主任：杨振

　　装置办公室  主任：赵晶石

　　资产财务办公室 主任：邝应娣

　　行政管理办公室 主任：梁键， 副主任：丁丽彬，付卫清

　　技术安全办公室 主任：王庆斌

　　科技合作办公室 主任：刘志勇